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<publisher>HAL CCSD</publisher>
<title lang=fr>Intérêt du séquençage haut-débit (NGS) sur prélèvements d’air pour la caractérisation de l’exposition fongique domiciliaire</title>
<creator>Le Cann, Pierre</creator>
<creator>Méheust, Delphine</creator>
<creator>Reponen, Tina</creator>
<creator>Vesper, Stephen</creator>
<creator>Gangneux, Jean-Pierre</creator>
<contributor>Institut de recherche, santé, environnement et travail [Rennes] (Irset) ; Université d'Angers (UA) - Université des Antilles et de la Guyane (UAG) - Université de Rennes 1 (UR1) - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )</contributor>
<contributor>Laboratoire d'étude et de recherche en environnement et santé (LERES) ; École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)</contributor>
<contributor>Environmental Protection Agency ; Environmental Protection Agency</contributor>
<contributor>Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes] ; Université de Rennes 1 (UR1) - Hôpital Pontchaillou - CHU Pontchaillou [Rennes]</contributor>
<description>National audience</description>
<source>Congrès de la SFMM</source>
<coverage>Talence-Bordeaux, France</coverage>
<identifier>hal-01198651</identifier>
<identifier>https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01198651</identifier>
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<source>Congrès de la SFMM, 2015, Talence-Bordeaux, France. 25 (3), pp.222, 2015, 〈10.1016/j.mycmed.2015.06.013〉</source>
<identifier>DOI : 10.1016/j.mycmed.2015.06.013</identifier>
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<language>fr</language>
<subject>[SDV] Life Sciences [q-bio]</subject>
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<type>Conference papers</type>
<description lang=fr>Introduction Une exposition domiciliaire fongique élevée quantifiée par l’index environnemental moléculaire Environmental Relative Moldiness Index (ERMI) est associée au développement de l’asthme dans l’enfance. Dans ce travail, nous avons utilisé cette technique basée sur la quantification moléculaire de 36 champignons dans les poussières pour comparer sa valeur dans l’air à la détection par séquençage haut-débit NGS. Matériels et méthodes Des prélèvements de poussière et d’air ont été collectés dans 20 logements étiquetés « moisis » et 20 logements « non moisis » par les méthodes suivantes : 2 m2 de poussières prélevées à l’aide d’un embout Mitest™ positionné sur un aspirateur ; 3 m3 d’air prélevés par le collecteur cyclonique Coriolis® (Bertin Technologies, France). Tout d’abord, nous avons validé l’ERMI dans l’air versus les poussières, puis comparé dans les prélèvements d’air l’ERMI le séquençage NGS (10 échantillons « moisis » versus 10 échantillons « non moisis »). La cible était le gène 18S séquencé par pyroséquençage à l’aide du système Roche 454. Résultats et discussion Une corrélation entre l’ERMI « poussières » et l’ERMI « air » a été observée avec une valeur significative du test Kendall's tau. Les moisissures intérieures les plus identifiées étaient Aspergillus restrictus, A. fumigatus, A. versicolor, Aureobasidium pullulans Penicillium crustosum, Wallemia sebi, auxquelles s’associaient des moisissures classiquement d’extérieur, Cladosporium cladosporoides, Cladosporium herbarum. L’analyse des séquences obtenues par pyroséquençage était superposable à l’observation par ERMI. Les 3 genres les plus représentés dans l’air intérieur étaient Aspergillus, Penicillium et Cladosporium. Toutefois, quelques genres non inclus dans le panel ont pu être détectés en quantité non négligeable, à l’image des levures notamment du genre Cryptococcus. L’ERMI et le NGS apparaissent donc utiles et corrélés pour la quantification de la charge fongique environnementale dans l’air. L’ERMI a l’avantage d’être une technique rapide, mais sa limite est de cibler a priori 36 genres fongiques (définis initialement aux États-Unis). L’analyse NGS permet d’identifier d’autres genres potentiellement pertinents et donc d’adapter les cibles pour un ERMI « français »</description>
<date>2015</date>
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